Bodrum Kalesi, 1406-1522 yılları arasında Saint Jean Şövalyeleri tarafından üç tarafı denizlerle çevrili kayalık bir yarımada üzerinde, iki liman arasında inşa edilmiştir. Kalenin yapımında, depremde yıkılmış olan dünyanın yedi harikasından biri Mausoleion’un taşlarını kullanmışlardır. Kalede, Fransız, İtalyan, İngiliz, Alman ve İspanyol (Yılanlı) kuleleri bulunmaktadır. Rodos adası 1522 yılında Türkler tarafından alındıktan sonra, şövalyeler Bodrum ve çevresini 5 Ocak 1523’de terk etmişlerdir. 1895’den itibaren hapishane olarak kullanılan Kale, Fransız ve İngilizlerin I. Dünya Savaşı sırasında 26-28 mayıs 1915’de bombalamaları ile yarı yıkık hale gelerek terk edilmiştir.

Günümüzde Bodrum Kalesi içinde, Bodrum Sualtı Arkeoloji Müzesi yer almaktadır. Ülkemizin tek, Dünya’nın ise en önemli sualtı arkeoloji müzelerinden biridir. 1995 yılında Avrupa’da Yılın Müzesi yarışmasında “Özel Övgü” ödülünü almış olan müzede, sualtı kazı ve araştırmalarından gelen eserlerin yanı sıra Bodrum ve çevresindeki kazı ve araştırmalardan ele geçen eserler de sergilenmektedir. Amphoralar, hamam, MS VII. yüzyıl Doğu Roma Gemisi, camlar, MS XI. yüzyıl Serçe Limanı Cam Batığı, Yılanlı Kule, Sikke ve Mücevherat Salonu, Karyalı Prenses, İngiliz Kulesi, Tunç Çağ Batıkları, Zindan ve Komutan Kulesi Bodrum Sualtı Arkeoloji Müzesi sergilerinin başlıcalarıdır.